docs: organize project guidance and module contracts

src/fesa/app/AGENTS.md

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+# CLI와 실행 조합
+
+App은 입력 인자·결과 경로·output lease·실행 객체 조합·진단과 exit 변환을 소유한다.
+해석식·수렴 기준·HDF5 dataset 정의를 이 영역에서 결정하지 않는다.
+
+- 단일 .inp 경로에서 결과와 로그의 lexical sibling을 만든다. Canonical 경로로 바꾸거나
+  --output을 우회 수용하지 않는다.
+- Lease 획득 전 공개 파일을 truncate하지 않는다. 같은 output pair의 충돌과 실패 시
+  기존 final HDF5 보존을 유지한다.
+- 준비된 입력은 한 번 mapping한 Domain으로 실행한다. Procedure마다 다시 파싱하거나
+  concrete state를 static 결과로 위장하지 않는다.
+- 성공 outcome과 로그 close를 확인한 뒤 해당 결과 writer를 호출한다. 로그 오류를
+  무시하고 정상 결과 저장으로 진행하지 않는다.
+- Usage·input·model·solver·output 오류의 외부 분류를 보존한다. Argument 개수, 잘못된
+  확장자, 상대 경로, busy output, 기존 결과가 있는 실패와 성공 finalize를 검증한다.